W wyniku nowelizacji Wytycznych w zakresie kwalifikowalności wydatków w ramach Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności na lata 2014–2020 (dalej: Wytyczne) w treści dokumentu wprowadzono, m.in. zmiany dotyczące:

− dostosowania treści Wytycznych do nowego stanu prawnego, będącego konsekwencją procedowanej zmiany ustawy z dnia 11 lipca 2014 r. o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowanych w perspektywie finansowej 2014–2020, w którym zniesione zostaną wytyczne programowe (usunięto wszelkie odwołania do wytycznych programowych i uwzględniono w niej pewne kwestie o charakterze horyzontalnym, które dotychczas regulowane były właśnie na poziomie wytycznych programowych);

− kwalifikowalności podatku VAT. Zmiany polegają na przeniesieniu do treści Wytycznych interpretacji Komisji, zgodnie z którą podatek ten powinien stanowić wydatek niekwalifikowalny zawsze, gdy produkty będące efektem realizacji projektu będą wykorzystywane będą przez jakikolwiek podmiot do działalności opodatkowanej, uprawniającej do ubiegania się o zwrot VAT. Ponadto do Wytycznych wprowadzono rozwiązanie, zgodnie z którym IZ będą miały możliwość ograniczenia kwalifikowalności VAT;

− sposobu publikacji zapytań ofertowych w ramach opisanej w sekcji 6.5.2 Wytycznych zasady konkurencyjności;

− stosowania uproszczonych metod rozliczania wydatków w przypadku kosztów pośrednich;

− doprecyzowania pojęć personelu projektu oraz wykonawcy.

Ponadto w treści Wytycznych wprowadzono szereg zmian o charakterze redakcyjnym.