Przyczyną zmian Regulaminu jest nowelizacja ustawy z dnia 11 lipca 2014 r.  o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowych w perspektywie finansowej 2014-2020 (Dz. U. z 2017 r. poz.1460) zwanej dalej ustawą wdrożeniową. Zmiany ustawy wdrożeniowej polegają m.in. na uchyleniu art. 7 dotyczącego możliwości wydawania przez Instytucje Zarządzające wytycznych dotyczących kwestii szczegółowych dla danego programu operacyjnego zwanych „wytycznymi programowymi” zgodnych  z wytycznymi horyzontalnymi. Zgodnie z art. 18 ust. 2 ustawy nowelizującej ustawę wdrożeniową (Dz. kwalifikowalności wydatków do wszystkich działań i poddziałań w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Warmińsko-Mazurskiego w zakresie Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, wydane przez Instytucję Zarządzającą, z dniem 2 grudnia przestają być stosowane. 

Zmiany obowiązują od 6.12.2017 r.