Za prawidłową i efektywną realizację Programu odpowiada Zarząd Województwa Warmińsko-Mazurskiego. 

W imieniu Zarządu zadania Instytucji Zarządzającej wykonuje Departament Polityki Regionalnej Urzędu Marszałkowskiego Województwa Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie.

Funkcje wdrożeniowe powierzono:

• Departamentowi Zarządzania Programami Rozwoju Regionalnego, w zakresie  działań i poddziałań współfinansowanych z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego z wyłączeniem skierowanych bezpośrednio do przedsiębiorców, produkcji i dystrybucji odnawialnych źródeł energii oraz osi V Środowisko przyrodnicze i racjonalne wykorzystanie zasobów;
• Departamentowi Europejskiego Funduszu Społecznego, w zakresie  działań i poddziałań współfinansowanych z Europejskiego Funduszu Społecznego z wyłączeniem interwencji na regionalnym rynku pracy, a także osi XI Włączenie społeczne;
• Regionalnemu Ośrodkowi Polityki Społecznej, w zakresie  działań i poddziałań współfinansowanych z Europejskiego Funduszu Społecznego, w tym Działanie 10.7 Aktywne i zdrowe starzenie się, w ramach osi X Regionalny Rynek Pracy oraz oś XI Włączenie społeczne;
• Departamentowi Koordynacji Promocji, w zakresie informacji i promocji.

Zadania i rolę Instytucji Certyfikującej pełni Departament Audytu Wewnętrznego i Certyfikacji. W realizację Programu zaangażowane będą także Departamenty: Organizacyjny, Finansów i Skarbu, Prawny, Zamówień Publicznych oraz Kontroli - pełniące m.in. funkcje obsługi organizacyjnej, finansowej, prawnej, administracyjnej i kontrolnej. 

Do zadań Instytucji Zarządząjącej należy:

1. Przygotowywanie propozycji kryteriów wyboru projektów do dofinansowania;
2. Wybór projektów do dofinansowania;
3. Zawieranie z wnioskodawcami umów o dofinansowanie projektu lub podejmowanie decyzji o dofinansowaniu projektu;
4. Zlecanie płatności na rzecz beneficjentów;
5. Zapewnienie aktualności i poprawności danych służących do monitorowania realizacji Programu;
6. Pełnienie funkcji Instytucji Certyfikującej;
7. Kontrola realizacji Programu, w tym weryfikacja prawidłowości wydatków ponoszonych przez beneficjentów;
8. Nakładanie korekt finansowych;
9. Odzyskiwanie kwot podlegających zwrotowi (np. środków niewykorzystanych, odsetek, należności do zwrotu w związku z nieprawidłowościami);
10. Ewaluacja Programu;
11. Monitorowanie postępów realizacji Programu;
12. Zapewnienie informacji o Programie i jego promocja.

Zasady działania i obowiązki Instytucji Zarządzającej zostały określone w  szczególności w rozporządzeniu Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) Nr 1303/2013 z 17 grudnia 2013 r. oraz ustawie z dnia 11 lipca 2014 r. o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowanych w perspektywie finansowej 2014-2020.

Instytucja Zarządzająca  w perspektywie 2014-2020 przekazuje część swoich zadań do realizacji Instytucjom Pośredniczącym. Ciągle jednak zachowuje pełną odpowiedzialność za całość realizacji programu.

Kontakt do Instytucji Zarządzającej
Departament Polityki Regionalnej
Urzędu Marszałkowskiego Województwa Warmińsko-Mazurskiego
ul. Kościuszki 89/91
10-554 Olsztyn
tel.  89 521  93 00
faks 89 521 93 09
e-mail: dpr@warmia.mazury.pl