Jest odpowiedzialna za skuteczne zarządzanie i wdrażanie Programu, za przestrzeganie oraz stosowanie regulacji i zasad.

Instytucja Zarządzająca powierza części swoich obowiązków do Instytucji Pośredniczącej.

Komitet Monitorujący działa jako niezależne ciało doradczo-opiniodawcze dla Instytucji Zarządzajacej. 

Na potrzeby oceny wniosków o dofinansowanie powoływani mogą być eksperci.

Województwo warmińsko-mazurskie i Bank Gospodarstwa Krajowego realizują projekt „Przedsiębiorcze warmińsko-mazurskie". Wsparcie rozwoju i konkurencyjności przedsiębiorstw przez instrumenty finansowe.